Początki Stoczni Nauta sięgają roku 1927, kiedy to powstało pierwsze przedsiębiorstwo noszące taką nazwę. Wówczas była to spółka z ograniczoną odpowiedzialnością. W kolejnych latach stocznia kilkakrotnie zmieniała swoich właścicieli i modyfikowała zakres swoich prac. Stocznia Nauta należała m. in.

do Stoczni Gdańskiej, a wcześniej także do Stoczni Gdyńskiej. W latach 30. stocznia miała zostać całkowicie zlikwidowana, jednak uchroniło ją przed tym Wolne Miasto Gdańsk, które wykupiło większość z udziałów w stoczni. Dzięki temu stocznia została uchroniona przed likwidacją. Część z udziałów w stoczni została natomiast przekształcona w Stocznię Rybacką spółka z o.

o. Stocznia zatrudniała ponad 100 osób, a a w okresie II wojny światowej zajmowała się przede wszystkim budowaniem niewielkich kutrów rybackich. Niestety po zakończeniu wojny stocznia uległa niemal całkowitemu zniszczeniu. Została jednak odrestaurowana i wznowiła swoją produkcję. Od 2014 roku stocznia należy do polskiej Grupy Zbrojeniowej SA.